В 2011 году в гимназии, в связи с переходом на автономию, был создан орган общественного управления – Наблюдательный совет, председателем которого является выпускник гимназии, представитель родительской общественности Щелкунов Виктор Валентинович.
Состав наблюдательного совета МАОУ гимназии №56:
1. Метальникова Светлана Сергеевна, учитель математики МАОУ гимназии № 56, представитель работников МАОУ гимназии № 56.
2. Плетнева Марина Семеновна, учитель начальных классов МАОУ гимназии № 56, представитель работников МАОУ гимназии № 56.
3. Щелкунов Виктор Валентинович, заместитель генерального директора – технический директор ООО «НПФ» ИСБ», представитель общественности.
4. Биджакова Анна Владимировна, домохозяйка, представитель общественности.
5. Смирнов Илья Аркадьевич, консультант правового отдела организационно-правового комитета департамента управления муниципальной собственностью администрации Города Томска, представитель департамента управления муниципальной собственностью администрации Города Томска.
6. Репкина Елена Андреевна, заместитель начальника департамента образования администрации Города Томска, представитель департамента образования администрации Города Томска.